Grundlaget for klubben blev skabt ad flere omveje med hovedroller til Aalborg KFUM og Vadum, der begge smagte på tophåndbold i 1980’erne og 1990’erne. Med basis i et talentfuldt kuld af egen avl opnåede Vadum fire sæsoner i den bedste række, kulminerende med fjerdepladsen i 1998-99 (samme sæson, som rækken skiftede navn til Håndboldligaen).

Ledelsen i Vadum indså dog, at potentialet næppe rakte til en permanent status som topklub, og i samspil med Aalborg KFUM blev ligaholdet i 2000 overdraget til nyoprettede Aalborg HSH, der overtog licensen som ligaklub.

Tre år senere gik depechen videre til AaB Håndbold, der allerede i 2003-2004 markerede sig med DM-bronze og undervejs tiltrak sig stor opmærksomhed, ikke mindst via engagementet med Joachim Boldsen i 2007-2008, ligesom hjemmebaneskiftet fra Aalborg Stadionhal til Gigantium skærpede interessen og opbakningen.

Organisatoriske og økonomiske overvejelser betød imidlertid, at AaB i november 2010 valgte at kvitte håndbolden. I stedet gik Eigild B. Christensen og Jan Larsen sammen om at videreføre ligaholdet i nyt regi, Aalborg Håndbold.

Den håndboldbegejstrede duo havde allerede i Vadum-epoken sat store aftryk på udviklingen, og Eigild B. Christensen førte an i oprettelsen af Aalborg HSH, hvor Jan Larsen satte sig i chefstolen og siden har stået i spidsen for ligaholdets organisation og drift.

Aalborg Håndbold overtog på alle fronter AaB Håndbold og blev dermed også godskrevet for det danske mesterskab, som det rød-hvide mandskab erobrede i 2009-2010. Siden har Aalborg Håndbold føjet fem DM-titler, to pokaltrofæer og fem Super Cup titler til samlingen i en gylden periode, hvor vi også for alvor er trådt ind på den europæiske scene.

Uden for stregerne er Mark Nielsen i 2018 trådt ind i ejerkredsen ved siden af Eigild B. Christensen og Jan Larsen.

Efter flere sæsoner med flotte resultater i europæisk regi fik Aalborg Håndbold det helt store internationale gennembrud i 2021, da holdet overraskede alle og spillede sig i Champions League finalen efter at have besejret mægtige PSG i semifinalen. Krafterne slap dog op mod Barcelona i finalen, som kunne hæve trofæet. Det flotte resultat skabte opmærksomhed internationalt og sikrede en billet til Super Globe – VM for klubhold, hvor holdet kunne rejse hjem med bronzemedaljer.